Сформирована 1 сентября 1941 г. на Ленинградском фронте, на базе 50-го стрелкового корпуса. В нее вошли 2-я Ленинградская и 3-я гвардейская Ленинградская стрелковые дивизии народного ополчения (затем преобразованы соответственно в 85-ю и 44-ю стрелковые дивизии), 291-я стрелковая дивизия, 6-я бригада морской пехоты, 500-й стрелковый полк, 51, 690 и 740-й артиллерийские полки и другие части. С 9 сентября во взаимодействии с 8-й и 55-й армиями вела ожесточенные оборонительные бои с соединениями немецкой группы армий «Север» на ближних подступах к Ленинграду. В результате противнику был нанесен большой урон и 18 сентября он был остановлен. В последующем войска армии до января 1944 г. прочно обороняли рубеж Лигово, Камень, южная окраина Пулково.

В Ленинградско-Новгородской стратегической операции армия наступала из района Пулковских высот на Красное Село, Ропшу. Преодолевая упорное сопротивление противника, ее соединения и части 19 января штурмом овладели сильным узлом обороны — г. Красное Село и к исходу этого дня соединились юго-восточнее Ропши с войсками 2-й ударной армии, завершив тем самым окружение остатков разгромленной группировки немецких войск в районе севернее Ропши и Красного Села. После ликвидации 20 января окруженной группировки войск противника армия продолжила наступление и освободила города Урицк (20 января), Пушкин и Павловск (24 января), Гатчину (26 января). В дальнейшем при активной поддержке партизан наступала в направлении Гдов, Псков. К концу февраля ее войска вышли с севера к внешнему обводу псковско-островского укрепленного района противника, где, встретив упорное сопротивление, 12 марта перешли к обороне.

С 24 апреля 42-я армия включена в 3-й Прибалтийский фронт и в его составе принимала участие в Псковско-Островской операции, в ходе которой овладела мощным опорным пунктом обороны противника г. Псков (23 июля), прикрывавшим пути к южным районам Эстонии.

28 июля полевое управление армии с армейскими частями выведено в резерв Ставки ВГК в район Порхова и с 10 августа включено в состав 2-го Прибалтийского фронта. В сентябре-октябре армия (110-й и 124-й стрелковые корпуса, 118-й укрепленный район, 29-я гвардейская танковая бригада, ряд артиллерийских и других частей) участвовала в Рижской операции. Прорвав тактическую зону обороны противника, ее войска в конце августа вышли к немецкому тыловому оборонительному рубежу «Сигулда», где временно перешли к обороне. С 8 по 15 октября была перегруппирована на левое крыло фронта в район 60 км юго-западнее Риги и 16 октября возобновила наступление в направлении на Либаву (Лиепая). С выходом к тукумскому оборонительному рубежу противника она во взаимодействии с другими армиями осуществляла блокаду войск группы армий «Север» (с 26 января 1945 г. — группа армий «Курляндия») на Курляндском полуострове до полной ее капитуляции. 1 апреля включена в состав Ленинградского фронта. В июне 1945 г. 42-я армия расформирована.

Командующие: генерал-майор Щербаков В.И. (август-сентябрь 1941 г.); генерал-лейтенант Иванов Ф.С. (сентябрь 1941 г.); генерал-майор Федюнинский И.И. (сентябрь-октябрь 1941 г.); генерал-майор, с мая 1942 г. генерал-лейтенант Николаев И.О. (октябрь 1941 г. — декабрь 1943 г.); генерал-полковник Масленников И.И. (декабрь 1943 г. — март 1944 г.); генерал-лейтенант Романовский В.З. (март 1944 г.); генерал-лейтенант Свиридов В.П. (март 1944 г. — до конца войны).

Члены Военного совета: бригадный комиссар Курочкин К.Т. (август- сентябрь 1941 г.); корпусной комиссар Клементьев Н.Н. (сентябрь 1941 г. — сентябрь 1942 г.); бригадный комиссар Галстян Б.О. (сентябрь-декабрь 1942 г.); генерал-майор Мжаванадзе В.П. (декабрь 1942 г. — июнь 1944 г.); генерал-майор Хмель А.Е. (июнь 1944 г. — до конца войны).

Начальники штаба: генерал-майор Беляев Н.И. (август-сентябрь 1941 г.); генерал-майор Ларионов Г.А. (сентябрь 1941 г.); генерал-майор Березинский Л.С. (сентябрь 1941 г. — январь 1942 г.); генерал-майор Буховец Г.К. (январь 1942 г. — январь 1944 г. и январь-июнь 1944 г.); генерал-майор Тихомиров П.Г. (январь 1944 г.); генерал-майор Кондратьев А.К. (июнь-июль 1944 г.); генерал-майор Крылов В.А. (июль 1944 г. -апрель 1945 г.); генерал-майор Рыбко Э.С. (апрель 1945 г. — до конца войны).