Создана 1 мая 1943 г. (директива Ставки ВГК от 16 апреля 1943 г.) путем преобразования из 21-й армии в составе Воронежского фронта. В нее вошли 51, 52, 67, 71, 89 и 90-я гвардейские стрелковые дивизии, сведенные затем в 22-й и 23-й гвардейские стрелковые корпуса.

В июле-августе участвовала в Курской битве. Занимавшие оборону на южном фасе Курского выступа соединения армии 6 июля 1943 г. были атакованы немецким 48-м танковым корпусом. После мощной артиллерийской подготовки противник бросил против них до 300 танков и штурмовых орудий, поддержанных авиацией. В ходе 6-дневных кровопролитных боев воины армии совместно с 5-м гвардейским танковым корпусом на выгодных рубежах сдерживали натиск ударной группировки противника, нанося ему существенный урон. К исходу 12 июля в районе Кочетовки наступление немецких войск было остановлено, а затем они были отброшены на исходные позиции. В ходе Белгородско-Харьковской наступательной операции войска армии во взаимодействии с 1-й танковой армией и другими войсками Воронежского фронта, продвинувшись на 80-90 км, глубоко обошли харьковскую группировку противника с запада, чем способствовали освобождению Белгорода и Харькова. 30 сентября армия выведена в резерв Ставки ВГК, 15 октября включена в состав Прибалтийского фронта, 20 октября переподчинена 2-му Прибалтийскому фронту. Ее соединения, совершив марш в район г. Невель, заняли оборону северо-западнее города. До начала января 1944 г. войска армии вели оборонительные бои, а затем принимали участие в разгроме невельской группировки противника. Летом армия в составе 1-го Прибалтийского фронта участвовала в Белорусской стратегической операции. 4 июля она во взаимодействии с соединениями 5-й ударной армии освободила г. Полоцк. В ходе освобождения Прибалтики принимала участие в Шяуляйской и Мемельской наступательных операциях. Затем ее соединения в составе 2-го Прибалтийского (с 8 февраля 1945 г.), с 1 апреля Ленинградского фронтов вели бои с курляндской группировкой противника.

В марте 1947 г. 6-я гвардейская армия расформирована.

Командующий генерал-лейтенант, с июня 1944 г. генерал-полковник Чистяков И.М. (апрель 1943 г. — до конца войны).

Члены Военного совета: генерал-майор Крайнев П.И. (апрель-июль 1943 г.); генерал-майор Абрамов К.К. (июль 1943 г. — до конца войны).

Начальник штаба генерал-майор, с сентября 1944 г. генерал-лейтенант Пеньковский В.А. (апрель 1943 г. — до конца войны).