Сформирована 5 января 1945 г. (Директива Ставки ВГК от 18 декабря 1945 г.) на базе управления 7-й армии и соединений отдельной гвардейской воздушно-десантной армии с непосредственным подчинением Ставке ВГК. В феврале в составе 37, 38, 39-го гвардейских стрелковых корпусов была сосредоточена в Венгрии юго-восточнее Будапешта, 27 февраля вошла в состав 2-го Украинского фронта, 9 марта переподчинена 3-му Украинскому фронту. В марте-апреле 1945 г. армия участвовала в Венской стратегической операции, наступая на направлении главного удара фронта. Войска армии во взаимодействии с соединениями 4-й гвардейской армии прорвали оборону противника севернее г. Секешфехервар, вышли во фланг и тыл главным силам немецкой 6-й танковой армии СС, вклинившимся в оборону фронта между озерами Веленце и Балатон. В начале апреля 9-я гвардейская армия нанесла удар в северо-западном направлении в обход Вены и во взаимодействии с 6-й гвардейской танковой армией сломила сопротивление противника, выдвинулась к Дунаю и отрезала ему пути отступления на запад. Войска армии во взаимодействии с соединениями других армий овладели Веной (13 апреля). В начале мая армия в составе 2-го Украинского фронта (с 7 февраля) принимала участие в Пражской операции, в которой во взаимодействии с 7-й гвардейской армией овладела г. Зноймо (8 мая) и успешно развила наступление на Рец, Писек.

Свой боевой путь 9-я гвардейская армия завершила выходом на Эльбу. В апреле 9-я гвардейская армия расформирована.

Командующий генерал-полковник Глаголев В.В.(декабрь 1944 г. — до конца войны).

Член Военного совета генерал-лейтенант Громов Г.П. (декабрь 1944 г. — до конца войны).

Начальники штаба: генерал-майор Панфилович М.И. (декабрь 1944 г. — январь 1945 г.); генерал-майор Рождественский С.Е. (январь 1945 г. — до конца войны).