Сформирована 22 июня 1941 г. на базе Одесского военного округа, в составе 14, 35 и 48-го стрелковых, 2-го кавалерийского, 2-го и 18-го механизированных корпусов, 80, 81, 82, 84 и 86-го укрепленных районов и ряда различных отдельных частей.

25 июня была предана Южному фронту. Участвовала в приграничном сражении, отражая наступление противника северо-западнее Кишинева. Затем с боями обороняла рубежи по рекам Днестр, Южный Буг, Днепр от Каховки до устья.

В октябре армия принимала участие в Донбасской, в ноябре — в Ростовской оборонительных операциях, в ноябре-декабре в Ростовской стратегической наступательной операции. В ходе ее во взаимодействии с 37-й и 56-й отдельной армиями нанесла поражение 1-й танковой армии противника, освободила Ростов-на-Дону и вышла на р. Миус.

В январе 1942 г. участвовала в Барвенково-Лозовской наступательной операции. С началом битвы за Кавказ в составе Юго-Западного (с 4 июня), затем Южного (с 12 июля) и Северо-Кавказского (с 29 июля) фронтов отражала наступление войск противника в Донбассе и большой излучине Дона. В начале августа 1942 г. войска 9-й армии были переданы 37-й армии, а полевое управление в районе Орджоникидзе (Владикавказ) приняло в свое подчинение 11-й гвардейский стрелковый корпус, 151, 176 и 384-ю стрелковые дивизии, 62-ю морскую стрелковую бригаду и ряд отдельных частей. В этом составе армия 6 августа вошла в Закавказский фронт и действовала в его Северной группе войск (с 9 августа).

Осенью участвовала в Моздок-Малгобекской, затем в Нальчикско-Орджоникидзевской наступательных операциях, в результате которых продвижение противника на Кавказе было остановлено.

В январе 1943 г. войска армии, перейдя в наступление, освободили города Прохладный, Минеральные Воды и во взаимодействии с 37-й армией Армавир. В ходе преследования противника армия, находясь с 24 января в составе Северо-Кавказского фронта 2-го формирования, овладела г. Кропоткин, а в начале февраля вышла на правый берег р. Бейсуг в районе Брюховецкой.

В феврале — середине марта ее войска в составе главной группировки фронта принимали участие в Краснодарской операции. В течение весны и лета войска 9-й армии вели бои за улучшение своих позиций и готовились к новому наступлению. В сентябре-октябре они участвовали в Новороссийско-Таманской операции. После завершения операции армия выведена в резерв Северо-Кавказского фронта.

6 ноября 1943 г. на основании директивы Ставки ВГК от 29 октября 1943 г. ее соединения и части переданы в состав других объединений, а полевое управление расформировано.

Командующие: генерал-полковник Черевиченко Я.Т. (июнь-сентябрь 1941 г.); генерал-майор Харитонов Ф.М. (сентябрь 1941 г. — май 1942 г.); генерал-майор Козлов П.М. (май-июнь 1942 г. и май-июнь 1943 г.); генерал-лейтенант Лопатин А.И. (июнь-июль 1942 г.); генерал-майор Пархоменко Ф.А. (июль-август 1942 г.); генерал-майор, с апреля 1943 г. генерал-лейтенант Коротеев К.А. (сентябрь 1942 г. — февраль 1943 г. и март-май 1943 г.); генерал-майор Глаголев В.В. (февраль-март 1943 г.); генерал-майор, с октября 1943 г. генерал-лейтенант Гречкин А.А. (июнь- ноябрь 1943 г.).

Члены Военного совета: корпусной комиссар Колобяков А.Ф. (июнь- сентябрь 1941 г.); дивизионный комиссар Крайнюков К.В. (сентябрь 1941 г. — ноябрь 1942 г.); дивизионный комиссар Колонии С.Е. (август- ноябрь 1942 г.); бригадный комиссар, с декабря 1942 г. полковник Емельянов В.Н. (ноябрь 1942 г. — ноябрь 1943 г.).

Начальники штаба: генерал-майор Захаров М.В. (июнь 1941 г.); генерал-майор, с ноября 1941 г. генерал-лейтенант Бодин П.И. (июнь-сентябрь 1941 г.); комбриг Иванов Н.П. (сентябрь-декабрь 1941 г.); генерал-майор Символоков В.Н. (январь-февраль 1942 г.); генерал-майор Корженевич Ф.К. (февраль-май 1942г.); генерал-майор Дашевский Я.С. (май-июнь 1942 г.); генерал-майор Батюня А.Г. (июнь-август 1942 г.); генерал-майор Ловягин П.Е. (август 1942 г.); полковник Коломинов А.Н. (август 1942 г. — май 1943 г.); генерал-майор Филипповский М.С. (май- ноябрь 1943 г.).