Сформирована в 15 августа 1942 г. на основании приказа НКО СССР от 27 июля 1942 г. на базе ВВС 1, 25 и 35-й общевойсковых армий Дальневосточного фронта.

В нее вошли 32-я, 249-я и 250-я истребительные, 33-я и 34-я бомбардировочные, 251-я и 252-я штурмовые авиадивизии

В апреле 1945 г. включена в Приморскую группу войск, в августе усилена 19-м бомбардировочным корпусом дальней авиации и включена в состав 1-го Дальневосточного фронта. В войне с Японией 9-я воздушная армия участвовала в Харбино-Гиринской операции. Боевые действия начала 9 августа бомбовыми ударами по военным объектам в районах городов Чанчунь и Харбин, силами 32-й и 250-й истребительных, 251-й и 252-й штурмовых авиадивизий осуществляла авиационную поддержку 1-й Краснознаменной и 5-й армий при прорыве обороны противника.

С 10 по 17 августа поддерживала наступление войск 1-го Дальневосточного фронта на Харбин и Чанчунь, содействовала войскам фронта в овладении Хутоуским и Дуннинским укрепленными районами и разгроме муданьц-зянской группировки противника. С 18 августа армия обеспечивала высадку десантов на аэродромы Харбина, Гирина, Яньцзи, Вонсана (Гензан), Хамхына (Канко) и др.

За период боевых действий 9-я воздушная армия произвела более 4400 самолето-вылетов.

Командующий генерал-полковник авиации Соколов И.М. (июнь 1945 г. — до конца советско-японской войны).

Начальник штаба генерал-майор авиации Степанов А.В. (июнь 1945 г. — до конца советско-японской войны).