Образована 4 июля 1943 г. (постановление ГКО от 29 июня 1943 г.) путем переименования Московского фронта ПВО. Организационно входила в состав Западного фронта ПВО, в апреле 1944 г. — Северного фронта ПВО. Боевой состав: 1-я воздушная истребительная армия ПВО (четыре истребительные авиационные дивизии, всего 17 истребительных авиационных полков), 15 зенитных артиллерийских, три зенитно-пулеметных, четыре прожекторные дивизии, три дивизии аэростатов заграждения, две дивизии ВНОС, 5 отдельных зенитных артиллерийских полков, 13 зенитных артиллерийских дивизионов и другие. Основная задача армии — прикрытие от ударов с воздуха Москвы, важных объектов и коммуникаций Центрального промышленного района СССР.

Постановлением ГКО от 24 декабря 1944 г. Особая Московская армия ПВО расформирована; на базе управления армии создано управление Центрального фронта ПВО.

Командующий генерал-лейтенант артиллерии, с ноября 1944 г. генерал-полковник артиллерии Журавлев Д. А. (июль 1943 г. -декабрь 1944 г.)