Сформирована 20 июня 1941 г. в составе Дальневосточного фронта. В нее вошли 39-й стрелковый корпус, 105-я стрелковая дивизия, 106, 107, 108, ПО и 111-й укрепленные районы, артиллерийские и другие части. Выполняла задачу по обороне государственной границы СССР в Приморье.

С 10 августа 1943 г. входила в состав Приморской группы войск, подчинявшейся до 20 апреля 1945 г. Дальневосточному фронту, затем непосредственно Ставке ВГК.

5 августа 1945 г., получив в свой состав 393-ю стрелковую дивизию, 7-й и 113-й укрепленные районы, 25-я армия вошла в 1-й Дальневосточный фронт. В период советско-японской войны, в ходе Харбино-Гиринской наступательной операции (август-сентябрь 1945 г.), соединения армии к исходу 10 августа преодолели тактическую зону обороны противника и овладели Дуннинским, Дуньсинь-чженским и Хуньчуньским укрепленными районами, перерезали дорогу Дуннин — Тумыньцза-Хуньчунь, продвинулись во вражескую оборону на глубину 15-20км.

11 августа наступавшие войска армии овладели городами Лаохэйшань и Хуньчунь, а 12 августа во взаимодействии с морскими десантами Тихоокеанского флота — портами Юки (Унги) и Расин (Наджин) на восточном побережье Кореи. В связи с успешным развитием наступления в полосе 25-й армии командующий войсками фронта 11 августа передал ей из 5-й армии 17-й стрелковый корпус, из своего резерва 88-й стрелковый, 10-й механизированный корпуса и поставил задачу развивать наступление в юго-западном направлении, перерезать коммуникации японских войск из портов Северной Кореи в Центральную и Восточную Маньчжурию, во взаимодействии с кораблями и морской пехотой Тихоокеанского флота освободить города и порты на восточном побережье Кореи. Выполняя эту задачу, войска армии нанесли поражение частям японских 3-й и 34-й армий и освободили города и порты Ванцин (15 августа), Сейсин (16 августа), Ранан и Яньцзи (17 августа) и другие. С 18 по 20 августа 25-я армия разоружала капитулировавшие японские войска. В конце августа соединения армии были передислоцированы в район Пхеньяна.

1 октября 1945 г. 25-я армия вошла в состав Приморского военного округа.

Командующий генерал-полковник Чистяков И.М.(июнь 1945 г.-до конца советско-японской войны).

Член Военного совета бригадный комиссар, с декабря 1942 г. генерал-майор Лебедев Н.Г. (июнь 1941 г. — до конца советско-японской войны).

Начальник штаба генерал-лейтенант Пеньковский В.А. (июнь 1945 г. — до конца советско-японской войны).