Сформирована 22 июля 1941 г. в составе войск Дальневосточного фронта на базе 18-го стрелкового корпуса. В нее вошли 35, 66 и 78-я стрелковые дивизии, 109-й укрепленный район, артиллерийские и другие части.

В период Великой Отечественной войны выполняла задачу по обороне государственной границы СССР в Приморье.

С 20 апреля 1945 г. входила в Приморскую группу войск.

5 августа переподчинена 1-му Дальневосточному фронту.

В период советско-японской войны в ходе Харбино-Гиринской операции армия (66, 264 и 363-я стрелковые дивизии, 8-й и 109-й укрепленные районы) выполняла задачу по нанесению удара из района юго-западнее Лесозаводска на Мишань с целью разгрома частей японской Квантунской армии на левом берегу р. Сунгача и овладения хутоуским укрепленным районом. В дальнейшем на нее возлагалось во взаимодействии с 1-й Краснознаменной армией уничтожение мишаньской группировки противника и овладение Мишаньским укрепленным районом. Часть ее сил предназначалась для обороны по правым берегам рек Уссури и Сунгача с задачей прикрытия железных и шоссейных дорог на участке Губерово, Спасск-Дальний. С началом операции войска армии при содействии Краснознаменной Амурской военной флотилии форсировали реки Уссури и Сунгача, блокировали уцелевшие гарнизоны долговременных огневых сооружений хутоуского укрепленного района, заняли г. Хулинь. Передовые отряды армии овладели г. Мишань (12 августа). К исходу 13 августа освободили г. Дунань. В последующем войска 35-й армии преодолели Кэнтэй-Алин и овладели г. Боли (16 августа), отрезали японские части, отходившие перед войсками 2-го Дальневосточного фронта на юг, от сил Квантунской армии в районе Му-даньцзяна. К исходу 19 августа они вышли в район Линькоу. В последующем армия участвовала в разоружении капитулировавших японских войск.

С 1 октября 1945 г. 35-я армия вошла в состав Приморского военного округа и в течение месяца расформирована.

Командующий генерал-лейтенант, с сентября 1945 г. генерал-полковник Захватаев Н.Д (июнь 1941 г. — до конца советско-японской войны).

Член Военного совета бригадный комиссар, с декабря 1942 г. генерал-майор Чубунов Ф.Б. (июнь 1941 г. — до конца советско-японской войны.).

Начальник штаба генерал-майор Иванов С.А. (декабрь 1943 г. — до конца советско-японской войны).