Сформирована 1 августа 1941 г. на основании директивы Генерального штаба от 24 июля 1941 г. в Забайкальском военном округе на базе 12-го стрелкового корпуса. Первоначально в нее входили 65, 93, 94 и 114-я стрелковые дивизии, 31-й и 32-й укрепленные районы.

С 15 сентября армия включена в Забайкальский фронт и в его составе до августа 1945 г. обороняла государственную границу СССР в Забайкалье, затем участвовала в советско-японской войне.

В ходе Хингано-Мукденской операции армия (2-й и 86-й стрелковые корпуса, 293-я и 298-я стрелковые дивизии, 31-й и 32-й укрепленные районы) наносила удар из районов Даурии и северо-восточнее Дурэя на Хайлар с целью обеспечения действий главной ударной группировки фронта с севера.

Начав наступление в ночь на 9 августа, войска 36-й армии преодолели сопротивление частей прикрытия противника, овладели Чжалайнор-Маньч-журским укрепленным районом, форсировали р. Аргунь и устремились к г. Хайлар. Продолжая наступление, блокировали Хайларский укрепленный район, главными силами развивали наступление в глубь Маньчжурии. Преодолев горный массив Большой Хинган, 17 августа освободили города Бухэду (Бокэ-ту), Ялу и Чжаланьтунь (Бутэхаци), 19 августа передовыми подразделениями овладели г. Цицикар.

В последующем войска армии разоружали части японской Квантунской армии при ее капитуляции.

1 октября 1945 г. 35-я армия вошла в состав Забайкальско-Амурского военного округа.

Командующий генерал-лейтенант, с сентября 1945 г. генерал-полковник Лучинский А.А. (июнь 1945 г. — до конца советско-японской войны).
Член Военного совета бригадный комиссар, с декабря 1942 г. генерал-майор Зудов А.И. (июль 1941 г. — до конца советско-японской войны).

Начальник штаба полковник, с ноября 1944 г. генерал-майор Иванов Е.В. (февраль 1944 г. — до конца советско-японской войны).