39-я армия первого формирования сформирована 15 ноября 1941 г. (директива Ставки ВГК от 2 ноября 1941 г.) в Архангельском военном округе с непосредственным подчинением Ставке ВГК. Первоначально в нее входили 357, 361, 369, 373, 377 и 381-я стрелковые, 76-я и 94-я кавалерийские дивизии, ряд отдельных частей. С 1 декабря на армию было возложено строительство оборонительных рубежей по восточному берегу р. Шексна. Затем она была перегруппирована в район г. Торжок и 22 декабря включена в Калининский фронт. В его составе участвовала в Калининской фронтовой наступательной операции, к концу которой вышла в район северо-западнее Ржева. В Ржевско-Вяземской стратегической операции ударом из этого района прорвала оборону противника на узком участке и, развивая наступление на Сычевку, обеспечила ввод в прорыв 11-го кавалерийского корпуса. К концу января 1942 г. вышла к железной дороге Вязьма — Смоленск севернее Ярцево, где встретила упорное сопротивление войск противника. В начале февраля противник встречными ударами из районов Ржева и Оленине перерезал узкий коридор, образованный войсками армии в его обороне западнее Ржева. Находясь под угрозой полного окружения северо-западнее Вязьмы, армия в феврале-июне вела упорные бои с противником, сковывая его значительные силы. В июле противник перерезал все коммуникации и полностью ее окружил. После ожесточенных боев отдельным частям и подразделениям армии удалось выйти из окружения.

В конце июля 1942 г. 39-я армия расформирована.

Командующие: генерал-лейтенант Богданов И.А. (октябрь-декабрь 1941 г.); генерал-лейтенант Масленников И.И. (декабрь 1941 г. — июнь 1942 г).

Член Военного совета корпусной комиссар Фоминых А.Я. (декабрь 1941 г. — август 1942 г.).

Начальники штаба: комбриг Коркодинов П.Д. (ноябрь-декабрь 1941 г.); полковник, с мая 1942 г. генерал-майор Мирошниченко П.П. (декабрь 1941 г. — июль 1942 г).

39-я армия второго формирования создана 8 августа 1942 г. в составе Калининского фронта на базе 58-й армии 2-го формирования. В нее вошли 27-я гвардейская, 158, 178, 348 и 359-я стрелковые дивизии, 130-я стрелковая и 153-я танковая бригады, ряд артиллерийских и других частей. До ноября обороняла рубеж северо-западнее Ржева. В ноябре-декабре участвовала в наступательных боях на ржевском направлении, в марте 1943 г. в Ржевско-Вяземской наступательной операции. В Духовщинско-Демидовской операции ее войска освободили г. Духовщина (19 сентября), во взаимодействии с 43-й армией — г. Рудня (29 сентября) и затем перешли к обороне. С 20 октября армия входила в 1-й Прибалтийский, с 20 января 1944 г. — в Западный и с 24 апреля — в 3-й Белорусский фронты.

В Витебско-Оршанской наступательной операции войска армии во взаимодействии с 5-й армией прорвали оборону противника на богушевском направлении, во взаимодействии с соединениями 43-й армии участвовали в окружении и разгроме витебской группировки противника. С 3 по 15 июля 39-я армия вела боевые действия в составе 1-го Прибалтийского фронта; 16 июля вновь передана 3-му Белорусскому фронту. В Каунасской операции войска армии во взаимодействии с 5-й гвардейской танковой армией развивали наступление севернее Ковно (Каунас) и к концу операции вышли на рубеж восточнее Расейняй, Раудоняны. В Мемельской операции армия во взаимодействии со 2-й гвардейской танковой армией в октябре очистила от противника правый берег р. Неман (Нямунас) от устья до Юрбурга (Юрбаркас). В последующем обороняла рубеж Сударги, Пилькаллен (Добровольск).

Зимой и весной 1945 г. в составе 3-го Белорусского, с 6 февраля 1-го Прибалтийского и с 25 февраля вновь 3-го Белорусского фронтов вела боевые действия в Восточной Пруссии в ходе Инстербургско-Кенигсбергской и Кенигсбергской операций. Свои боевые действия на советско-германском фронте армия завершила участием в Земландской наступательной операции.

1 мая 39-я армия была выведена в резерв Ставки ВГК, затем передислоцирована в Монголию и 20 июня включена в Забайкальский фронт. В его составе участвовала в советско-японской войне 1945 г. В ходе Хингано-Мукденской фронтовой наступательной операции войска армии нанесли удар из Тамцаг-Булагского выступа по войскам 30-й и левому флангу 4-й отдельной японских армий. Разгромив войска противника, прикрывавшие подступы к перевалам Большого Хингана, армия овладела Халун-Аршанским укрепленным районом. Развивая наступление на Чанчунь, продвинулась с боями на 350-400 км и к 14 августа вышла в центральную часть Маньчжурии.

Командующие: генерал-майор, с января 1943 г. генерал-лейтенант Зыгин А.И. (август 1942 г. — сентябрь 1943 г.); генерал-лейтенант Берзарин Н.Э. (сентябрь 1943 г. — май 1944 г.); генерал-лейтенант, с мая 1945 г. генерал-полковник Людников И.И. (май 1944 г.-до конца советско-японской войны).

Член Военного совета генерал-майор Бойко В.Р. (август 1942 г. — до конца советско-японской войны).

Начальники штаба: полковник, с октября 1942 г. генерал-майор Ильиных П.Ф. (август 1942 г. — октябрь 1942 г.); полковник, с июня 1944 г. генерал-майор Симиновский М.И. (октябрь 1943 г. — до конца советско-японской войны).