Сформирована 31 июля 1941 г. (приказ Ставки ВГК от 30 июля 1941 г.) на базе 33-го стрелкового корпуса в составе Резервного фронта. К 10 августа в своем составе имела 38, 53, 145, 149, 211, 217, 222, 279, 303-ю стрелковые, 104-ю и 109-ю танковые дивизии, ряд артиллерийских и других частей. С начала августа соединения армии занимали оборону по р. Десна южнее Ельни на рубеже Холмец, Богданове, на котором в ходе Смоленского сражения остановили наступление немецких войск. В начале октября противнику, имевшему значительное превосходство в силах и средствах, удалось прорвать оборону 43-й армии (с 3 октября в составе Западного фронта). Ее соединения и части были вынуждены с тяжелыми боями отходить на Можайскую линию обороны, а затем на р. Нара северо-западнее Серпухова, где 21 октября остановили наступление противника.

В декабре 1941 г. — январе 1942 г. участвовала в контрнаступлении под Москвой, а затем до апреля 1942 г. — в наступлении советских войск на западном направлении. С 20 апреля обороняла рубеж на реках Воря и Угра западнее г. Медынь, который удерживала до конца августа. 1 сентября выведена в резерв Ставки ВГК и перегруппирована в район северо-восточнее г. Демидов. С 1 октября армия вошла в состав Калининского фронта. С 12 октября ее войска занимали оборону северо-восточнее г. Демидов, с января до августа 1943 г. — по берегам озер Лососно, Рытое, Сапшо и далее до Мужицкой (42 км севернее Духовщины). В августе — начале октября участвовала в Смоленской стратегической операции, а в ноябре-декабре в составе 1-го Прибалтийского фронта (с 20 октября) — в наступательных боях на витебском направлении. В феврале перегруппирована в район Городка, где приняла полосу обороны от 11-й гвардейской армии.

В Витебско-Оршанской операции войска 43-й армии во взаимодействии с 6-й гвардейской армией прорвали оборону противника, частью сил во взаимодействии с 39-й армией 3-го Белорусского фронта окружили группировку немецких войск (5 дивизий) в районе Витебска и 26 июня освободили город. В последующем завершили уничтожение окруженной группировки и освободили г. Лепель (28 июня). В ходе Полоцкой операции армия наступала на Глубокое и к исходу 4 июля вышла в район Козины. В дальнейшем, развивая наступление на паневежиском направлении, ее войска овладели г. Швенченеляй (8 июля), затем отразили ряд сильных контратак подошедших резервов противника, перерезали железные дороги Двинск — Вильнюс, Двинск — Каунас и к 14 июля достигли рубежа севернее Салакаса, Ованты. В ходе последующего наступления на рижском направлении они вели ожесточенные бои за г. Биржай, который окончательно освободили 6 августа. С 13 августа армия обороняла рубеж по р. Лиелупе южнее и западнее Бауска.

В сентябре ее войска участвовали в Рижской, в октябре — в Мемельской операциях.

С середины октября 1944 г. до середины января 1945 г. принимала участие в блокировании курляндской группировки противника.

С 20 января 1945 г. 43-я армия передана в 3-й Белорусский фронт, 13 февраля включена в 1-й Прибалтийский фронт, 25 февраля вновь вошла в состав 3-го Белорусского фронта. В его составе участвовала в Инстербургско-Кенигсбергской, Кенигсбергской и Земландской наступательных операциях. С 24 апреля выведена в резерв 3-го Белорусского фронта, перегруппирована в район Данциг, Гдыня, Нойштадт и с 1 мая включена во 2-й Белорусский фронт, в составе которого закончила свой боевой путь.

В мае 1946 г. 43-я армия расформирована.

Командующие: генерал-лейтенант Курочкин П.А (август 1941 г.); генерал-лейтенант Селезнев Д.М. (август-сентябрь 1941 г.); генерал-майор Собенников П.П. (сентябрь-октябрь 1941 г.); генерал-лейтенант Акимов С.Д. (октябрь 1941 г.); генерал-майор, с июня 1942 г. генерал-лейтенант Голубев К.Д. (октябрь 1941 г. — май 1944 г.); генерал-лейтенант Белобородов А.П. (май 1944 г. — до конца войны).

Члены Военного совета: бригадный комиссар Ковальков Г.Г. (сентябрь-ноябрь 1941 г.); дивизионный комиссар, с декабря 1942 г. генерал-майор Шабалов С.И. (ноябрь 1941 г. — до конца войны).

Начальники штаба: полковник Зуев Ф.А. (сентябрь-октябрь 1941 г.); полковник, с января 1942г. генерал-майор Боголюбов А.Н. (октябрь 1941 г.-декабрь 1942 г.); полковник Чиннов И.И. (декабрь 1942 г. — февраль 1943 г.); генерал-майор Позняк В.Г. (февраль-август 1943 г.); полковник, с декабря 1943 г. генерал-майор Масленников Ф.Ф. (август 1943 г. — до конца войны).