53-я армия второго формирования создана 1 мая 1942 г. (директива Ставки ВГК от 26 апреля 1942 г.) на Северо-Западном фронте на базе южной группы войск 34-й армии. В нее вошли 22-я гвардейская, 23, 130, 166, 235, 241,250-я, стрелковые дивизии, две стрелковые бригады, 10 лыжных батальонов, артиллерийские, инженерные и авиационные части. До марта 1943 г. в составе фронта участвовала в боевых действиях против 16-й немецкой армии, удерживавшей демянский плацдарм. После ликвидации плацдарма полевое управление 53-й армии выведено в резерв Ставки ВГК (22 марта). С 10 апреля армия включена в Резервный фронт (с 15 апреля Степной военный округ, с 9 июля Степной фронт), где получила новые соединения. На 1 июля в нее входили 28-я гвардейская, 84, 116, 214, 233, 252, 299-я стрелковые дивизии, два танковых полка, ряд артиллерийских, инженерных и других соединений и частей. В этом составе армия участвовала в Курской битве. К 16 июля ее войска заняли рубеж Подольхи, Большие Подъяруги (55 км северо-восточнее Белгорода), с которого 19 июля перешли в наступление и во взаимодействии с другими армиями Воронежского и Степного фронтов нанесли поражение противнику. В августе-сентябре участвовала в Белгородско-Харьковской стратегической операции и освобождении Левобережной Украины. Продвинулась более чем на 200 км, во взаимодействии с другими армиями освободила города Харьков (23 августа) и Полтава (23 сентября). К 5 октября вышла к Днепру, форсировала его и захватила плацдарм юго-восточнее Кременчуга. До середины ноября вела ожесточенные бои за его удержание и расширение. В ноябре-декабре 53-я армия в составе войск 2-го Украинского фронта (с 20 октября) наступала на кировоградском направлении и к 24 декабря вышла на рубеж Красноселье, Знаменка (25 км северо-восточнее Кировограда), где была остановлена подошедшими резервами противника. С 5 января 1944 г. 53-я армия возобновила наступление и во взаимодействии с другими армиями фронта разгромила кировоградскую группировку противника.

В конце января — первой половине февраля армия участвовала в Корсунь-Шевченковской операции, в ходе которой наступала в направлении Буртки, Тишковка, Златополь, отразила сильные контрудары противника. В Уманско-Ботошанской операции ее войска освободили города Балла (29 марта), Котовск (31 марта) и десятки других населенных пунктов. К концу операции вышли к р. Днестр в районе г. Дубоссары и захватили плацдарм на правом берегу реки.

К началу Ясско-Кишиневской стратегической операции армия, имея в своем составе шесть дивизий, артиллерийские, инженерные и другие части, находясь во втором эшелоне, предназначалась для развития успеха на фокшанском направлении. После ввода в сражение развивала наступление и 31 августа вступила в Бухарест. К исходу сентября ее войска достигли румыно-венгерской границы северо-западнее и западнее г. Арад. В октябре в ходе Дебреценской операции армия действовала на направлении главного удара фронта. Во взаимодействии с 1-й гвардейской конно-механизированной группой прорвала главную полосу обороны противника, продвинулась до 100 км, вышла к р. Тиса в районе Польгара и юго-западнее. В ходе Будапештской стратегической операции армия 7- 10 ноября 1944 г. форсировала р. Тиса севернее Абадсалока и, развивая наступление, силами 110-й гвардейской стрелковой дивизии во взаимодействии с 3-й гвардейской воздушно-десантной дивизией 27-й армии овладела г. Эгер (30 ноября). В последующем наступала на Сечень и Лученец; к концу февраля 1945 г. вышла на р. Грон на участке Зволен, Теков, где перешла к обороне. В ходе Братиславско-Брновской операции, наступая в составе ударной группировки фронта, соединения и части армии в первый день операции форсировали р. Грон и затем освободили города Врабле (28 марта), Нитра (30 марта), Глоговец (1 апреля), Годонин (13 апреля), во взаимодействии с соединениями 6-й гвардейской танковой армии и 1-й гвардейской конно-механизированной группы г. Брно (26 апреля).

Свой боевой путь в Великой Отечественной войне 53-я армия завершила участием в Пражской операции 1945 г.

В июне-июле армия передислоцирована на территорию Монголии в район г. Чойболсан. В начале августа в составе 18-го гвардейского, 49-го, 57-го стрелковых корпусов, ряда артиллерийских, инженерных и других соединений и частей включена в Забайкальский фронт. В период советско-японской войны 1945 г. принимала участие в Хингано-Мугденской операции. В ходе нее при преодолении Большого Хингана действовала во втором эшелоне фронта. В последующем была введена в наметившийся разрыв между 17-й и 6-й гвардейской танковой армиями и развернула наступление навстречу войскам 1-го Дальневосточного фронта.

В октябре 1945 г. 53-я армия расформирована.

Командующие: генерал-майор Ксенофонтов А.С. (апрель-октябрь 1942 г.); генерал-майор Коротков Г.П. (октябрь 1942 г. — январь 1943 г.); генерал-майор Журавлев Е.П. (январь-март 1943 г.); генерал-лейтенант, с мая 1945 г. генерал-полковник Манагаров И.М. (март-декабрь 1943 г. и март 1944 г. — до конца войны); генерал-майор Тарасов Г.Ф. (декабрь 1943 г. — январь 1944 г.); генерал-лейтенант Галанин И.В. (январь-март 1944 г.).

Члены Военного совета: полковой комиссар Шмелев А.И. (май 1942 г.); батальонный комиссар Иванов (май 1942 г.); дивизионный комиссар, с декабря 1942 г. генерал-майор, с сентября 1944 г. генерал-лейтенант Горохов П.И. (май 1942 г. — до конца войны).

Начальники штаба: генерал-майор Деревянко К.Н. (май 1942 г. — декабрь 1943 г.); генерал-майор Карпухин В.Д. (декабрь 1943 г. — февраль 1944г.); генерал-майор Воробьев И.И. (февраль-май 1944г.); генерал-майор Яковлев А.Е. (май 1944 г. -до конца войны).