Начала формироваться в феврале 1943 г. в составе Воронежского фронта на базе 18-го отдельного стрелкового корпуса. Ей предназначались 161, 180, 270-я стрелковые, 1 -я истребительная дивизии, 37-я стрелковая и 173-я танковая бригады, ряд артиллерийских и других частей. Не закончив формирования, приняла участие в Харьковской наступательной операции, в ходе которой разгромила противостоящие соединения противника юго-западнее г. Новый Оскол и во взаимодействии с 38-й армией освободила г. Волчанск (9 февраля). Развивая наступление, ее войска форсировали р. Северский Донец, во взаимодействии с 3-й танковой и 40-й армиями освободили Харьков (16 февраля) и в начале марта вышли в район юго-восточнее Опошни, юго-западнее Валки, Шаровка. В ходе Харьковской стратегической оборонительной операции соединения и части армии во взаимодействии с другими армиями фронта в течение трех суток отражали контрнаступление немецких войск. В последующем под ударами превосходящих сил противника вынуждены были отойти на левый берег р. Северский Донец на рубеж Шишино, Безлюдовка, где остановили его дальнейшее продвижение. С 20 марта армия была выведена в резерв фронта.

В начале Курской стратегической оборонительной операции 69-я армия находилась во втором эшелоне Воронежского фронта, занимая рубеж в глубине обороны за 6-й и 7-й гвардейскими армиями. В последующем участвовала в отражении наступления ударной группировки немецких войск юго-восточнее Прохоровки. С 18 июля вела боевые действия в составе Степного фронта. В ходе Белгородско-Харьковской стратегической операции войска 69-й армии во взаимодействии с другими армиями Степного фронта освободили Белгород (5 августа), Харьков (23 августа).

В ходе битвы за Днепр ее соединения менее чем за месяц продвинулись почти на глубину 200 км, вышли в район восточнее г. Кременчуг.

С 30 сентября в резерве Ставки ВГК. С 4 апреля 1944 г. включена в составе 2-го Белорусского фронта, с 5 апреля — Белорусского (с 16 апреля 1-й Белорусский) фронта, в составе которого вела оборонительные бои на рубеже Турычаны, Ягодбо, Станиславувка и далее по р. Турья.

В ходе Люблин-Брестской операции наступала на холмском направлении. Ее войска во взаимодействии с 7-м гвардейским кавалерийским корпусом освободили г. Холм (22 июля), в конце июля вышли к Висле и захватили Пулавский плацдарм. Успешно действовали войска 69-й армии в Варшавско-Познаньской операции 1945 г., в ходе которой во взаимодействии с другими соединениями освободили Радом, Томашов (Томашув-Мазовецки), Лодзь, Мезеритц (Мендзыжеч) и ряд других городов; в феврале на франкфуртском направлении вышли к Одеру (Одра). В ходе Берлинской стратегической операции армия наступала с кюстринского плацдарма; обеспечивая действия ударной группировки фронта с юга, участвовала в ликвидации группировки противника, окруженной юго-восточнее Берлина. К концу операции вышла к Эльбе в районе Магдебурга.

После окончания боевых действий армия находилась в составе Группы советских оккупационных войск в Германии, затем ее полевое управление передислоцировано в г. Баку, где в августе 1945 г. обращено на формирование управления Бакинского военного округа.

Командующие: генерал-лейтенант Казаков М.И. (февраль-март 1943 г.); генерал-майор, с июня 1943 г. генерал-лейтенант Крюченкин В.Д. (март 1943 г. — апрель 1944 г.); генерал-лейтенант, с ноября 1944 г. генерал-полковник Колпакчи В.Л. (апрель 1944 г. — до конца войны).

Член Военного совета генерал-майор Щелаковский А.В. (февраль 1943г. — до конца войны).

Начальники штаба: генерал-майор Рогозный 3.3. (февраль 1943 г.); полковник Протас С.М. (февраль-июль 1943 г.); генерал-майор Венский В.С. (июль-октябрь 1943 г.); генерал-майор Ильиных П.Ф. (октябрь 1943 г. — май 1944 г.); генерал-майор Владимирский А.В. (май 1944 г. — до конца войны).