Родился 2 (16) декабря 1899 года в деревне Черневичи ныне Борисовского района Минской области Белоруссии в крестьянской семье. Белорус. Окончил начальную школу.

В Красной Армии с 1918 года. Участник Гражданской войны. Член ВКП(б)/КПСС с 1920 года. В 1921 году окончил пехотные курсы, в 1924 году - пехотную школу, а в 1930 году - курсы "Выстрел".

Участвовал в национально-революционной войне испанского народа 1936-39 годов, и в советско-финляндской войне 1939-40 годов.

В период боёв с 23 декабря 1939 года по 28 февраля 1940 года 136-я стрелковая дивизия (13-я армия, Северо-Западный фронт) комдива Черняка С.И. прорвала линию Маннергейма на участке Муола - Ильвес, нанеся противнику большой урон.

Указом Президиума Верховного Совета СССР от 7 апреля 1940 года за умелое командование дивизией, образцовое выполнение боевых заданий командования на фронте борьбы с финской белогвардейщиной и проявленные при этом отвагу и геройство комдиву Черняку Степану Ивановичу присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали "Золотая Звезда" (№ 126).

Постановлением Совета Народных Комиссаров Союза ССР от 4 июня 1940 года Черняку С.И. присвоено воинское звание "генерал-лейтенант".

В декабре 1941 года С.И. Черняк окончил Высшие академические курсы при Военной академии Генерального штаба. Участник Великой Отечественной войны с 1941 года.

С июля по декабрь 1941 года генерал-лейтенант Черняк С.И. командовал 46-й армией Закавказского фронта.

С февраля по май 1942 года генерал-лейтенант Черняк командовал 44-й армией Крымского фронта (назначен вместо врио полковника Рождественского, месяц командовавшего армией после гибели генерал-майора А.И.Первушина).

4 июня 1942 года после сдачи Крыма снят с должности, понижен в звании до "полковника" и направлен в войска с рекомендацией "проверить на другой, менее сложной работе".

С 9 июня по 24 августа 1943 года - командир 32-й стрелковой дивизии (3-я ударная армия, Калининский фронт).

С 22 октября 1943 года по 20 января 1944 года - командир 162-й Новгород-Северской Краснознамённой (с ноября 1943 года) стрелковой дивизии (19-й стрелковый корпус, 65-я армия, Белорусский фронт). Под командованием полковника Черняка дивизия участвовала в Гомельско-Речицкой наступательной операции.

Постановлением Совета Народных Комиссаров Союза ССР от 3 июня 1944 года № 671 полковнику Черняку С.И. присвоено воинское звание "генерал-майор".

В последующие годы войны до её победоносного окончания С.И. Черняк - командир стрелковых дивизий.

В ходе Гомельско-Речицкой операции войск Белорусского фронта 162-я стрелковая дивизия (19-й стрелковый корпус, 65-я армия) Черняка С.И. 17 ноября 1943 года участвовала в освобождении города Речица, а при проведении войсками 1-го Украинского фронта Сандомирско-Силезской операции 31-я стрелковая дивизия (78-й стрелковый корпус, 52-я армия) генерал-майора Черняка С.И. 20 января 1945 года освобождала от немецко-фашистских оккупантов польский город Питшен (Бычина).

После войны С.И. Черняк продолжал службу в рядах Советской Армии. С 1954 года он - военный комиссар Краснодарского краевого военного комиссариата. С 1958 года генерал-майор Черняк С.И. - в запасе, а затем в отставке. Скончался 21 июля 1976 года. Похоронен в Краснодаре на Славянском кладбище.

Награждён тремя орденами Ленина (02.03.38; 07.04.40; 21.02.45), тремя орденами Красного Знамени (05.01.44; 03.11.44; 15.11.50), двумя орденами Суворова 2-й степени (23.08.44; 29.05.45), орденом Кутузова 2-й степени (06.04.45), медалями.