Сформирована 1 августа 1941 г. (приказ Закавказского военного округа от 23 июля 1941 г.) в Закавказском военном округе на базе 40-го стрелкового корпуса для прикрытия государственной границы СССР с Ираном. В нее вошли 20-я, 77-я горнострелковые, 17-я кавалерийская дивизии и ряд отдельных частей.

С 23 августа включена в состав Закавказского фронта.

В октябре перегруппирована на Северный Кавказ, в район Махачкалы, в конце ноября — на Черноморское побережье в район Анапы. В Керченско-Феодосийской десантной операции 1941-1942 гг. ее войска во взаимодействии с 51-й армией и силами Черноморского флота освободили Керченский полуостров, овладели городом и портом Феодосия (29 декабря 1941 г.). 30 декабря армия вошла в состав Кавказского фронта.

28 января 1942 г. передана Крымскому фронту, в составе которого зимой и весной вела боевые действия за удержание Керченского полуострова.

С 8 мая во взаимодействии с другими армиями и силами Черноморского флота отражала наступление превосходящих сил противника и после тяжелых оборонительных боев была вынуждена отойти к г. Керчь, а затем эвакуироваться на Таманский полуостров.

С 20 мая ее полевое управление с армейскими частями было включено в состав Северо-Кавказского фронта и сосредоточено сначала в г. Тихорецк, а затем — в г. Махачкала.

16 июня армия в составе 138, 156, 157, 236, 302-й стрелковых дивизий и ряда отдельных частей передана Закавказскому фронту 2-го формирования и до августа оборудовала оборонительный рубеж от устья р. Терек до Гудермеса. С 9 августа входила в Северную группу войск фронта и в ее составе осенью 1942 г. вела упорные оборонительные бои, прочно удерживая занимаемый рубеж. В декабре нанесла ряд контрударов и отбросила немецкие войска в район севернее г. Моздок.

В январе 1943 г. наступала на ставропольском направлении, 21 января освободила г. Ворошиловск (Ставрополь). 24 января включена в Северо-Кавказский фронт 2-го формирования, с 6 февраля переподчинена Южному (с 20 октября 1943 г. 4-й Украинский) фронту 2-го формирования.

На заключительном этапе Ростовской операции войска армии освободили г. Азов (7 февраля) и к 18 февраля вышли на рубеж Рясный, левый берег р. Самбек (восточнее и северо-восточнее Таганрога), который прочно удерживали до начала за освобождения Донбасса.

В ходе Донбасской стратегической операции 44-я армия во взаимодействии с 28-й армией силами кавалерийских и механизированных соединений фронта нанесла поражение таганрогской группировке противника и во взаимодействии с десантами, высаженными Азовской военной флотилией, и партизанами освободила Таганрог (30 августа).

В ходе последующего успешного наступления во взаимодействии с силами Черноморского флота освободила 10 сентября Мариуполь. С 26 сентября принимала участие в Мелитопольской операции.

8 конце октября была выведена в резерв фронта, перегруппирована в район северо-восточнее Каховки и, сменив части 5-й ударной армии, обороняла рубеж Завадовка, Каховка, Британы.

9 ноября 1943 г. полевое управление 44-й армии было расформировано, а ее войска переданы в состав других армий.

Командующие: генерал-майор Хадеев А.А. (июль-декабрь 1941 г.); генерал-майор Первушин А.Н (декабрь 1941 г. — январь 1942 г.); полковник Рождественский С.Е. (январь-февраль 1942 г.); генерал-лейтенант Черняк С.И. (февраль-май 1942 г.); генерал-майор Хрящев А.А. (май- август 1942 г.); генерал-майор Петров И.Е. (август-октябрь 1942 г.); генерал-майор Мельник К.С. (октябрь-ноябрь 1942 г.); генерал-майор Хоменко В.А. (ноябрь 1942 г. — ноябрь 1943 г.).

Члены Военного совета: бригадный комиссар Комиссаров А.Г. (август 1941 г. — февраль 1942 г.); бригадный комиссар Сердюков А.Д. (февраль-июнь 1942 г.); бригадный комиссар, с декабря 1942 г. генерал-майор Уранов В.И. (июнь 1942 г. — ноябрь 1943 г.).

Начальники штаба: полковник Рождественский С.Е. (июль 1941 г. — июнь 1942 г.); генерал-майор Хрящев А.А. (июнь-август 1942 г.); полковник Соколов Ю.И. (август-ноябрь 1942 г.); полковник Кашкин А.М. (ноябрь 1942 г. — январь 1943 г.); генерал-майор Разуваев В.Н. (январь- апрель 1943 г. и июль-ноябрь 1943 г.); полковник Кузнецов А.М. (апрель- июль 1943 г.); полковник Боровик М.И. (июль-август 1943 г.)