Сформирована 1 августа 1941 г. (приказ Закавказского военного округа от 23 июля 1941 г.) в Закавказском военном округе на базе 3-го стрелкового корпуса. В нее вошли 9-я и 47-я горнострелковые, 4-я стрелковая дивизии, 51-й укрепленный район, 457, 547 и 647-й артиллерийские полки, 7-й отдельный дивизион бронепоездов и другие части.

С 23 августа включена в Закавказский фронт с задачей оборонять государственную границу СССР с Турцией от Черного моря до горы Уч-Тапаляр и побережье Черного моря на участке Поти — Сухуми.

30 декабря вошла в состав Кавказского фронта, 28 января 1942 г. переподчинена Закавказскому военному округу, 15 мая включена в Закавказский фронт 2-го формирования. В июне 1942 г. в состав армии включен 3-й стрелковый корпус, ей поставлена дополнительная задача- частью сил прикрыть с севера перевалы через Главный Кавказский хребет от Мамисонского до Белореченского.

С 15 августа соединения и части армии вели упорные и ожесточенные бои за удержание перевалов в центральной части Главного Кавказского хребта. 25 ноября вошла в состав Черноморской группы войск Закавказского фронта.

В январе-марте 1943 г. 46-я армия в составе Черноморской группы войск Закавказского, с 6 февраля Северо-Кавказского 2-го формирования фронтов участвовала в операциях по разгрому немецких войск на Северном Кавказе, в ходе которых освободила города Майкоп (во взаимодействии с партизанами, 29 января) и Краснодар (во взаимодействии с 18-й армией, 12 февраля). К 11 марта вышла в Кубанские плавни в районе южнее Троицкой, где перешла к обороне. 3 марта армия выведена в резерв фронта на доукомплектование, а 30 марта — в резерв Ставки ВГК.

В последующем входила в Резервный фронт (с 10 апреля), Степной военный округ (с 15 апреля), Юго-Западный фронт 2-го формирования (с 1 июня), резерв Ставки ВГК (с 24 июля).

С 8 августа вновь передана в Юго-Западный (с 20 октября 3-й Украинский) фронт. С 24 августа участвовала в Донбасской стратегической операции и последующем форсировании р. Днепр. С 11 сентября войска армии действовали в составе Степного фронта.

2 октября войска армии включены в Юго-Западный (с 20 октября 3-й Украинский) фронт. С 5 октября вели оборонительные бои по удержанию плацдармов на Днепре, восточнее Днепродзержинска, затем до начала декабря наступала на криворожском направлении и 25 октября освободила Днепродзержинск и во взаимодействии с 8-й гвардейской армией — Днепропетровск.

Успешно действовала 46-я армия в 1944 г. в составе 3-го Украинского фронта при освобождении Правобережной Украины. В Никопольско-Криворожской, Березнеговато-Снигиревской и Одесской операциях ее войска освободили многие населенные пункты Украины, в том числе города Апостолово (5 февраля) и Кривой Рог (во взаимодействии с 37-й армией, 22 февраля). К исходу 14 апреля вышли на рубеж Леонтина, Паланка (устье р. Днестр) и захватили плацдарм юго-восточнее Раскаевицы.

В августе-сентябре армия участвовала в Ясско-Кишиневской стратегической операции, освобождении Румынии и Болгарии.

С 20 сентября включена во 2-й Украинский фронт. В Дебреценской операции наносила удары на Сегед и Сента, обеспечивая главные силы фронта с юга.

С конца октября 1944 г. до середины февраля 1945 г. в составе 2-го и 3-го (с 14 декабря) Украинских фронтов участвовала в Будапештской операции 1944-1945 гг.

21 февраля 1945 г. армия вновь включена во 2-й Украинский фронт, в составе которого вела боевые действия до конца войны.

В Венской стратегической операции армия во взаимодействии со 2-м гвардейским механизированным корпусом, наступая на Дьер и частью сил — на Комаром, содействовала другим войскам в освобождении Вены (13 апреля). Боевые действия закончила участием в Пражской стратегической операции, в ходе которой к исходу 11 мая вышла на рубеж Ческе-Будеевице, Прогартен.

В июле-сентябре 1945 г. 46-я армия передислоцирована в Одесский военный округ и 25 сентября расформирована.

Командующие: генерал-лейтенант Черняк С.И. (июль-декабрь 1941 г.); генерал-майор Хадеев А.А. (декабрь 1941 г. — апрель 1942 г.); генерал-майор Сергацков В.Ф (апрель-август 1942 г.); генерал-лейтенант Леселидзе К.Н. (август 1942 г.-январь 1943 г.); генерал-майор Рослый И.П. (январь-февраль 1943 г.); генерал-майор Рыжов А.И. (февраль-март 1943 г.); генерал-майор, с октября 1943 г. генерал-лейтенант Глаголев В.В. (март 1943 г.-май 1944 г.); генерал-лейтенант Шлемин И.Т. (май 1944 г. — январь 1945 г.); генерал-майор Филипповский М.С. (январь-март 1945 г.); генерал-лейтенант Петрушевский А.В. (март — до конца войны).

Члены Военного совета: бригадный комиссар Емельянов В.Н. (август 1941 г. — ноябрь 1942 г.); полковник Синакоев Г.Г. (ноябрь 1942 г. — ноябрь 1943 г.); генерал-майор Туманян Г.Л. (ноябрь 1943 г.-январь 1944 г.); генерал-майор Коновалов П.Г. (январь 1944 г. — до конца войны).

Начальники штаба: полковник Рассказов А.П. (июль 1941 г. — октябрь 1942 г.); генерал-майор Микеладзе М.Г. (октябрь 1942 г. — май 1943 г.); генерал-майор Богданович В.Ф. (май-декабрь 1943 г.); генерал-майор Бирман М.Я. (декабрь 1943 г. — до конца войны).