Сформирована 1 августа 1941 г. (приказ Закавказского военного округа от 26 июля 1941 г.) в Закавказском военном округе на базе 28-го механизированного корпуса для прикрытия государственной границы СССР с Ираном. Первоначально в нее входили 63-я, 76-я горнострелковые, 236-я стрелковая, 6-я, 54-я танковые дивизии, 116-й, 456-й артиллерийские полки и другие части.

С 23 августа включена в Закавказский (с 30 декабря Кавказский) фронт. До конца года выполняла задачи по прикрытию государственной границы.

В конце января 1942 г. армия начала перегруппировку и сосредоточение на Керченском полуострове, где 28 января вошла в состав Крымского фронта. В первой половине мая ее соединения и части во взаимодействии с другими армиями фронта вели бои с превосходящими силами противника, перешедшими в наступление в направлении на г. Керчь. После упорных боев войска 47-й армии были вынуждены оставить Керченский полуостров и эвакуироваться на Тамань.

С 20 мая армия входила в состав Северо-Кавказского фронта, с 17 августа — в Новороссийский оборонительный район, с 5 сентября — в Черноморскую группу войск Закавказского фронта 2-го формирования.

Во второй половине августа-сентябре участвовала в Новороссийской операции, в январе — первой половине марта 1943 г. в составе Северо-Кавказского фронта 2-го формирования (с 6 февраля) вела наступательные бои в районе Новороссийска и в направлении станицы Крымская.

В середине марта, после передачи соединений и частей 18-й и 56-й армий, полевое управление 47-й армии было выведено в резерв Северо-Кавказского фронта и передислоцировано в район Майкопа, где приняло в свое подчинение новые войска. Находясь (с 3 апреля) в резерве Ставки ВГК, армия была перегруппирована в район г. Россошь.

В последующем входила в Резервный фронт (с 10 апреля), Степной военный округ (с 15 апреля) и Степной фронт (с 9 июля).

1 августа передана Воронежскому (с 20 октября 1-й Украинский) фронту и в его составе участвовала в Белгородско-Харьковской стратегической операции и освобождении Украины.

31 октября, передав свою полосу обороны и войска 27-й и 38-й армиям, полевое управление 47-й армии (с рядом армейских частей) выведено в резерв Ставки ВГК в район Козелец (65 км северо-восточнее Киева). 20 января 1944 г. армия входила в 1-й Украинский фронт. В феврале ее полевое управление было передислоцировано в район г. Сарны и 25 февраля передано вновь созданному 2-му Белорусскому фронту. Имея в своем составе (на 10 марта) 77-й, 125-й стрелковые корпуса, 397-ю стрелковую дивизию и ряд отдельных частей, армия вела оборонительные бои на рубеже Ямны, Домбровица, во второй половине марта — наступала на ковельском направлении.

С 5 апреля армия входила в Белорусский (с 16 апреля 1-й Белорусский фронт 2-го формирования) фронт 2-го формирования. В ходе Люблин-Брестской операции ее соединения и части во взаимодействии с другими войсками фронта прорвали оборону противника, освободили г. Ковель (6 июля), форсировали р. Западный Буг и вступили на территорию Польши. В августе они продолжали вести наступательные действия и к концу месяца вышли к р. Висла в районе Варшавы. Возобновив 10 сентября наступление, войска армии после четырехдневных ожесточенных боев 14 сентября овладели крепостью Прага (предместье Варшавы).

Успешно действовала армия в 1945 г. в Варшавско-Познаньской и Восточно-Померанской стратегической операциях.

В ходе Берлинской стратегической операции, наступая в составе ударной группировки фронта, 25 апреля во взаимодействии с соединениями 2-й гвардейской танковой армии вышла в район западнее Потсдама, где соединилась с войсками 4-й гвардейской танковой армии 1-го Украинского фронта, завершив окружение берлинской группировки противника. К исходу 8 мая вышла на Эльбу северо-западнее Бранденбурга, где и закончила свой боевой путь.

5 февраля 1946 г. 47-я армия расформирована.

Командующие: генерал-майор Новиков В.В. (июль-октябрь 1941 г.); генерал-майор Баронов К.Ф. (октябрь 1941 г. — февраль 1942 г.); генерал-лейтенант Черняк С.И. (февраль 1942г.); генерал-майор Колганов К.С. (февраль-май 1942 г.); генерал-майор Котов Г.П. (май-сентябрь 1942 г.); генерал-майор Гречко А. А. (сентябрь-октябрь 1942 г.); генерал-лейтенант Камков Ф.В (октябрь 1942 г. — январь 1943 г.); генерал-лейтенант Леселидзе К.Н. (январь-март 1943 г.); генерал-майор Рыжов А.И. (март-июль 1943 г.); генерал-майор Козлов П.М. (июль-август 1943 г.); генерал-лейтенант Корзун П.П. (август-сентябрь 1943 г.); генерал-лейтенант Жмаченко Ф.Ф. (сентябрь-октябрь 1943 г.); генерал-лейтенант Поленов В.С. (октябрь 1943 г. — май 1944 г.); генерал-лейтенант Гусев Н.И. (май-ноябрь 1944 г.); генерал-майор, с января 1945 г. генерал-лейтенант Перхорович Ф.И. (ноябрь 1944 г. — до конца войны).

Члены Военного совета: бригадный комиссар Яркое А.К. (июль 1941 г.- май 1942г.); бригадный комиссар Карпенков Д.А. (май-июнь 1942 г.); бригадный комиссар Абрамов И.П. (июнь-август 1942 г.); контр-адмирал Горшков С.Г. (август-сентябрь 1942 г.); генерал-майор Мальцев Е.Е. (сентябрь 1942 г. — март 1943 г.); полковник Комаров Г.А. (март-июнь 1943 г.); генерал-майор Королев И.Н. (июнь 1943 г. — до конца войны).

Начальники штаба: комбриг Труфанов Н.И. (июль 1941 г. — январь 1942 г.); генерал-майор Хрящев А.А. (январь-июнь 1942 г.); полковник Васильев К.П. (июнь-сентябрь 1942 г.; октябрь 1942 г.-январь 1943 г.); генерал-майор Ермолаев А.Г. (сентябрь-октябрь 1942 г.); генерал-майор Дашевский Я.С. (январь-март 1943 г.); полковник Кристальный Н.С. (март-май 1943 г.); полковник Иванов Е.В. (май-ноябрь 1943 г.); генерал-майор Филипповский М.С. (ноябрь 1943 г. — июль 1944 г.); генерал-майор Лукьянченко Г.С. (июль 1944 г. — до конца войны).