Образована в Сибирском военном округе 15 ноября 1941 г. (директива Ставки ВГК от 2 ноября 1941 г.). В нее вошли 366, 372, 374, 376, 378, 382-я стрелковые, 78-я и 87-я кавалерийские дивизии, ряд авиационных, артиллерийских и других частей. После сформирования, находясь в резерве Ставки ВГК, была передислоцирована по железной дороге на территорию Архангельского военного округа, где до конца первой половины декабря участвовала в строительстве Череповецкого укрепленного района и совершенствовала инженерное оборудование оборонительного рубежа по восточному берегу оз. Белое и р. Шексна от устья до Мякса. С 18 декабря была передана Волховскому фронту и в его составе занимала оборону по правому берегу р. Волхов на рубеже Водосье, Ефремове. В январе-апреле 1942 г. войска 59-й армии участвовали в Любанской операции, в ходе которой во взаимодействии с 4-й и 52-й армиями, в последующем со 2-й ударной армией наступали на направлении главного удара фронта. Несмотря на незавершенность операции, соединения армии в январе освободили населенные пункты Пересвет, Остров, Кипрово, в феврале захватили плацдарм на левом берегу р. Волхов, в марте-апреле сорвали планы противника по полному окружению 2-й ударной армии и подготовке нового наступления на Ленинград. 24 апреля армия включена в Ленинградский фронту 9 июня переподчинена Волховскому фронту 2-го формирования и в его Составе в течение 18 месяцев обороняла плацдарм на р. Волхов в районе Мясного Бора, а также рубеж по правому берегу этой реки до Новгорода и северо-восточного побережья оз. Ильмень.

В январе-феврале 1944 г. войска 59-й армии участвовали в разгроме немецкой группы армии «Север». В ходе Новгородско-Лужской операции овладели Новгородом (20 января) и ликвидировали окруженные разрозненные части противника. В последующем вели наступление на лужском направлении и 26 января вышли к железной дороге Ленинград — Дно, во взаимодействии с войсками 67-й армии Ленинградского фронта разгромили группировку противника в районе Луги. С 15 февраля армия включена в состав Ленинградского фронта; ее полевое управление выведено во фронтовой резерв, а войска переданы в 8-ю и 67-ю армии. Получив новые соединения и части (6, 43, 109, 117, 122-й стрелковые корпуса, 30-ю гвардейскую танковую бригаду, ряд танковых, артиллерийских и других частей), 59-я армия в третьей декаде марта заняла оборону на восточном берегу Чудского озера на рубеже Васкнарва, Гдов, который удерживала до лета 1944 г. В начале июня перегруппирована на Карельский перешеек и в ходе Выборгской операции частью сил во взаимодействии с силами Балтийского флота провела десантную операцию и очистила от противника группу островов в Выборгском заливе. С 10 июля по 21 сентября обороняла острова и побережье Выборгского залива, а после выхода Финляндии из войны и заключения с ней перемирия до конца ноября охраняла государственную границу СССР на Карельском перешейке от р. Вуокса до Финского залива.

2 декабря армия выведена в резерв Ставки ВГК, передислоцирована на территорию Польши в район Жешув, Ланьцут, Жолыня и 20 декабря включена в состав 1-го Украинского фронта. В ходе Сандомирско-Силезской операции 1945 г. армия, имея в своем составе 13, 80, 314, 92, 135, 286, 245-ю стрелковые дивизии, ряд артиллерийских, инженерных соединений и частей, 14 января введена в сражение на стыке 5-й гвардейской и 60-й армий с рубежа р. Нида в направлении Скальмеж, Мостек, южнее Сосковец. В ходе наступления ее соединения во взаимодействии с войсками 60-й армии освободили г. Краков (19 января), концентрационный лагерь в Освенциме (27 января) и совместно с 21-й армией овладели центром Домбровского угольного района г. Катовице (28 января). К исходу января войска 59-й армии вышли к р. Одер (Одра), форсировали ее и захватили плацдарм на левом берегу в районе Дзельница (Линденхе). В феврале-марте участвовала в Нижнесилезской и Верхнесилезской операциях. Во взаимодействии с 21-й и 4-й танковой армиями ее войска окружили и уничтожили оппельнскую группировку немецких войск в составе 5 дивизий. В ходе боевых действий соединения 59-й армии освободили города Козель (18 марта), Краппитц (19 марта), Обер-Глогау (19 марта) и свыше 200 других населенных пунктов. Продолжая наступление, к 20 марта ее войска вышли в предгорья Судет на границу Польши с Чехословакией.

Свой боевой путь 59-я армия завершила участием в Пражской стратегической операции.

Командующие: генерал-майор Галанин И.В. (ноябрь 1941 г. — апрель 1942 г.); генерал-майор, с ноября 1942 г. генерал-лейтенант Коровников И.Т. (апрель 1942 г. — до конца войны).

Члены Военного совета: корпусной комиссар Диброва П.А. (ноябрь 1941 г. — июль 1942 г.); бригадный комиссар, с декабря 1942 г. генерал-майор Лебедев П.С. (июль 1942 г. — до конца войны).

Начальники штаба: генерал-майор Токарев И.М. (ноябрь 1941 г. — февраль 1942 г.); генерал-майор Пэрн Л.А. (февраль-апрель 1942 г.); генерал-майор Городецкий Н.В. (апрель-май 1942 г.); полковник Богданович В.Ф. (май-июнь 1942 г.); полковник Сергеев Л.Г. (июнь — июль 1942 г.); полковник, с января 1943 г. генерал-майор Артюшенко П.А. (июль 1942 г. — август 1943 г.); генерал-майор Ковальчук Н.П. (август 1943 г. — до конца войны).