Cформирована 15 ноября 1941 г. (директива Ставки ВГК от 2 ноября 1941 г.) в Приволжском военном округе с непосредственным подчинением Ставке ВГК. В нее вошли 342, 346, 350, 356, 385, 387 и 391-я стрелковые, 83-я и 91 -я кавалерийские дивизии, ряд артиллерийских и других частей. В ходе Московской битвы в начале декабря 1941 г. армия сосредоточена в районе Ряжск, Раненбург, Мичуринск. 6 декабря передовые отряды двух ее стрелковых дивизий вступили в бой с немецкими войсками в районе ст. Павелец. С 9 декабря входила в Юго-Западный фронт, а с 24 декабря во вновь созданный Брянский фронт 2-го формирования. В составе последнего в конце декабря 1941 г. — феврале 1942 г. участвовала в наступательных операциях на болховском и орловском направлениях. С весны 1942 г. до середины 1943 г., находясь в составе Брянского, Западного (с 13 января 1942 г.), Брянского (с 3 апреля), Западного (с 29 июня), Брянского (с 8 февраля 1943 г.), Западного (с 13 марта), Орловского (с 29 марта) фронтов, вела оборонительные бои южнее и юго-западнее Белева, прикрывая калужское и тульское направления; периодически проводила частные наступательные операции с ограниченными целями. Летом в составе Брянского фронта (с 29 марта 1943 г.) участвовала в Орловской стратегической операции, в ходе которой во взаимодействии с 11-й гвардейской и 4-й танковой армиями разгромила болховскую группировку противника и освободила г. Волхов (28 июля). С 15 августа выведена в резерв Ставки ВГК, 7 сентября включена в Центральный (с 20 октября 1943 г. Белорусский) фронт 2-го формирования. В его составе принимала участие в Черниговско-Припятской, Гомельско-Речицкой и Калинковичско-Мозырской операциях, в ходе которых освободила города Щорс (21 сентября), во взаимодействии с 65-й армией Калинковичи и с 7-м гвардейским кавалерийским корпусом Мозырь (оба 14 января 1944 г.); в конце января вышла к низовьям р. Птичь и южнее. В последующем во взаимодействии с 13-й армией 1-го Украинского фронта частью сил успешно наступала вдоль правого берега р. Припять на Столин. С 24 февраля входила в состав 1-го Белорусского, с 25 февраля 2-го Белорусского, с 6 апреля Белорусского 2-го формирования (с 17 апреля 1-й Белорусский 2-го формирования) фронтов.

В ходе Белорусской стратегической операции войска армии во взаимодействии с партизанскими отрядами и Днепровской военной флотилией, действовавшей на р. Припять, освободили города Лунинец (10 июля), Пинск (14 июля), Кобрин (20 июля) и при содействии части сил 28-й и 70-й армий Брест (28 июля). В конце июля 61-я армия была выведена в резерв Ставки ВГК, 13 сентября включена в 3-й Прибалтийский фронт и в его составе в ходе Рижской операции участвовала в освобождении Риги (13 октября). 17 октября в связи с упразднением 3-го Прибалтийского фронта 61-я армия передана 1-му Прибалтийскому фронту и участвовала в блокировании курляндской группировки противника. 20 декабря выведена в резерв Ставки ВГК, а 25 декабря включена в 1-й Белорусский фронт. В его составе в январе — начале февраля 1945 г. вела активные боевые действия в Варшавско-Познанской, в феврале — начале апреля — в Восточно-Померанской стратегических операциях. Боевой путь завершила участием в Берлинской стратегической операции, в ходе которой во взаимодействии с 1-й армией Войска Польского наступала в обход Берлина с севера и к концу операции вышла на Эльбу юго-восточнее Виттенберга.

После окончания военных действий 61-я армия вошла в состав Центральной группы войск, затем была передислоцирована в г. Ростов-на-Дону, в августе 1945 г. была расформирована, а ее полевое управление обращено на формирование управления Донского военного округа.

Командующие: генерал-полковник Кузнецов Ф.И. (ноябрь-декабрь 1941 г.); генерал-лейтенант Попов М.М. (декабрь 1941 г. — июнь 1942 г.); генерал-лейтенант, с июля 1944 г. генерал-полковник Белов П.А. (июнь 1942 г. — до конца войны).

Члены Военного совета: корпусной комиссар Колобяков А.Ф. (ноябрь-декабрь 1941 г.); дивизионный комиссар, с декабря 1941 г. генерал-майор Дубровский Д.Г. (декабрь 1941 г. — до конца войны).

Начальники штаба: генерал-майор Глухов М.И. (ноябрь 1941 г. — январь 1942 г.); генерал-майор Корженевич Ф.К. (январь-декабрь 1942 г.); генерал-майор Самарский Д.И. (декабрь 1942 г. — май 1943 г.); полковник Сальников М.Н. (май-август 1943 г.); генерал-майор, с сентября 1944 г. генерал-лейтенант Пулко-Дмитриев А.Д. (август 1943 г. -до конца войны).