Сформирована на Тихоокеанском флоте в августе 1939 г. для обороны побережья и морских коммуникаций в Татарском проливе и Охотском море.

В своем составе имела минный заградитель, 3-ю бригаду подводных лодок, 5, 8 и 9-й отдельные дивизионы торпедных катеров, части береговой обороны, ПВО и ВВС. Флотилия базировалась на Советскую Гавань (главная база), Де-Кастри и Николаевск-на-Амуре.

В период Великой Отечественной войны участвовала в постановке минных заграждений в районе Советской Гавани.

В августе 1945 г. в состав флотилии входили сторожевой корабль, 10 тральщиков, 15 подводных лодок, 13 торпедных катеров, 6 сторожевых катеров, отдельный батальон морской пехоты и 330 боевых самолетов.

В ходе советско-японской войны участвовала в Южно-Сахалинской и Курильской десантных операциях.

Наносила авиационные удары, высаживала морские десанты в порты Южного Сахалина и на Курильские острова, обеспечивала воинские перевозки.

Расформирована в 1945 г.

Командующие: контр-адмирал Арапов М.И. (август 1939 г. — февраль 1943 г.); контр-адмирал, с ноября 1944 г. вице-адмирал Андреев В.А. (апрель 1943 г. — до конца советско-японской войны).

Член Военного совета генерал-майор береговой службы Зайцев Г.Ф. (август 1939 г. — до конца советско-японской войны).

Начальники штаба: капитан 2 ранга Котов В.Ф. (июль 1941 г. — август 1943 г.); контр-адмирал Байков И.И. (август 1943 г. -до конца советско-японской войны).