Сформирована в июле 1941 г. для поддержки сухопутных войск на приозерных флангах и обеспечения озерных коммуникаций на ленинградском направлении. Главная база — Гдов, с 18 июля — с. Мустве. В своем составе флотилия имела три канонерские лодки, посыльное судно, 7 озерных и речных пароходов, 13 моторных катеров, несколько барж и 427 человек личного состава. Находилась в оперативном подчинении командира 11-го стрелкового корпуса, командира 8-й армии, командующего Нарвской оперативной группой. В июле-августе корабли флотилии совместно с сухопутными частями обороняли Гдовский боевой участок, перевозили войска и беженцев, эвакуировали ценное имущество. Немецкое командование вынуждено было выделить часть своей авиации и отряд вооруженных катеров для борьбы против кораблей флотилии. В связи с отходом советских войск к Ленинграду 13 августа уцелевшие суда флотилии были затоплены своими экипажами. Из личного состава организован береговой отряд, который с боями пробился в район Нарвы.

27 августа 1941 г. Чудская военная флотилия расформирована.

Командующий капитан 1 ранга Авраамов Н.Ю. (июль-август 1941 г.).

Военный комиссар полковой комиссар Моисеев В.П. (июль-август 1941 г.).

Начальник штаба капитан 3 ранга Козлов А.М. (июль-август 1941 г.).