Дунайская военная флотилия первого формирования создана в июне 1940 г. в составе Черноморского флота с главной базой в Измаиле. Состояла из дивизионов мониторов (5 единиц), бронекатеров (22 единицы), катеров-тральщиков (7 единиц), сторожевых катеров (до 30 единиц), отряда глиссеров (6 единиц), отдельной авиаэскадрильи, отдельного зенитного артиллерийского дивизиона, 6 батарей береговой артиллерии, стрелковой и пулеметной рот. С началом Великой Отечественной войны ей был придан 4-й Черноморский отряд пограничных судов НКВД. По предвоенным планам флотилия должна была не допустить прорыва кораблей противника ниже г. Режи, форсирования противником Дуная на участке от Галаца до устья реки, отразить совместно с сухопутными войсками его удары из района Галаца на Джурджулешты. Для решения этих задач предусматривалось создание трех групп кораблей: ренийской, измаильской и килийской. Флотилия вела боевые действия во взаимодействии с войсками Южного фронта на Дунае, Буге, Днепре, у берегов Керченского пролива. В сентябре 1941 г. отошла в Севастополь, а в октябре перешла в Керчь.

В ноябре 1941 г. была расформирована, а корабли переданы в Азовскую военную флотилию и Керченскую военно-морскую базу.

Командующие: контр-адмирал Абрамов Н.О. (июнь-сентябрь 1941 г.); капитан 1 ранга, с сентября 1941 г. контр-адмирал Фролов А.С. (сентябрь-ноябрь 1941 г.).

Военные комиссары: бригадный комиссар Беленков В.К. (июль-сентябрь 1941 г.); полковой комиссар Дворяненко С.И. (сентябрь-октябрь 1941 г., врид); полковой комиссар Маслов И.В. (октябрь-ноябрь 1941 г.).

Начальник штаба капитан 2 ранга Григорьев В.В. (июнь-ноябрь 1941 г).

Дунайская военная флотилия второго формирования создана в апреле 1944 г. на основе Азовской военной флотилии. В октябре подчинена непосредственно наркому Военно-Морского флота. Базировалась на Одессу, а с августа 1944 г. — на Измаил. Первоначально в составе Дунайской военной флотилии были отдельная бригада речных кораблей (монитор, 14 бронекатеров, 12 минометных катеров, 22 катера-тральщика, 15 полуглиссеров), бригада бронекатеров (22 бронекатера, 10 полуглиссеров, 10 катеров «ЗИС»), сектор береговой обороны (22 120-152-мм орудия), отдельные батальон морской пехоты, зенитный артиллерийский и химический дивизионы. Содействовала 46-й армии в форсировании Днестровского лимана (21-23 августа 1944 г.), осуществила прорыв обороны противника на реке и вошла в дельту Дуная (24-28 августа 1944 г.). Корабли флотилии прошли с боями по Дунаю свыше 2 тыс. км, высадили 20 тактических десантов, переправили до 900 тыс. человек, свыше 1,5 тыс. танков и самоходно-артиллерийских установок, 7 тыс. орудий и минометов, 450 тыс. тонн грузов.

За боевые заслуги флотилия награждена орденами Нахимова 1-й степени, Красного Знамени (6.01.1945 г.) и Кутузова 2-й степени.

Командующие: контр-адмирал, с сентября 1944 г. вице-адмирал Горшков С.Г. (апрель-декабрь 1944 г.); контр-адмирал Холостяков Г.Н. (декабрь 1944 г. — до конца войны, врид).

Член Военного совета капитан 1 ранга Матушкин А.А. (апрель 1944 г. — до конца войны).

Начальник штаба капитан 1 ранга Свердлов А.В. (апрель 1944 г. — до конца войны).